Il 1200 è il secolo della massima espansione dell'autonomia dei comuni, ma anche della loro crisi, culminata nella nascita delle signorie cittadine. E' la famiglia dei Cortenuova ad emergere in questi anni nel complesso gioco delle parti, che vede protagonisti i grandi comuni lombardi, ormai divisi al loro interno tra parte guelfa (filo-papale) e parte ghibellina (filo-imperiale).
Gli ultimi decenni del XIII secolo e i primi decenni del XIV secolo furono caratterizzati in Lombardia dall'antagonismo dei Torriani e dei Visconti. Queste due potenti famiglie milanesi, l'una a capo dei guelfi e l'atra dei ghibellini, si contesero il potere a Milano coinvolgendo nella lotta, in un sistema di alleanze con le parti guelfe e ghibelline, le altre città lombarde. La volontà di espansione milanese verso queste terre si manifestava ora nella volontà di dominio su terre e castelli bergamaschi, cremonesi, bresciani. Ed è proprio in questi comuni in cui nasce assai presto l'esigenza di una propria legislazione statutaria, testimonianza di una tradizione di autonomia nei confronti delle città consolidatosi poi all'interno dello stato regionale. Nel 1303, dunque, Mozzanica compilò i suoi primi statuti che vennero riveduti ed ampliati nel 1357. Gli statuti, nell'ultima versione del 1435, saranno vigenti sino all'età moderna (sostanzialmente fino alla riforma ammnistrativa teresiana del 1757).

Nel 1578 la comunità, impoverita dalla guerra, vende i suoi beni al feudatario, il Conte Lorenzo Guidoni di Crema, al prezzo di 27.500 Lire.
Al Guidoni successe, nel 1591 Giorgio Secco cittadino milanese, abitante a Caravaggio.
Con un legato, Giorgio Secco, lasciava erede delle sue sostanze il pio luogo - da lui fondato - detto dell'Assunzione di Maria Vergine presso San Celso a Milano, il quale doveva assegnare a giovani povere nubende la dote di duecento ducati d'oro per ognuna. Alla morte del Secco, senza lasciare eredi, il feudo passò alla Regia Camera che ne investì Pirro Melzi.
Ai Melzi succedettero nel 1720 i Candiani ed è con questa famiglia che si chiude l'epoca dell'infeudazione.
Come curiosità citiamo i dati del censimento dei terreni del 1730: complessivamente il territorio possedeva 12.611 pertiche di terreni agricoli dei quali i Candiani ne possedavano 2055, il vescovo di Cremona 1200, il consorzio della Parrocchia 790, altre confraternite laiche 400, la comunità di Mozzanica 886 pertiche. Altri maggiori possidenti con più di 100 pertiche erano i Boni, i Ceroni, i Fasoli, i Ghisleri.

Verso la fine del 1600 regnava in Spagna Carlo II d'Asburgo, che morì senza eredi. Si aprì tra i vari regnanti d'Europa , tutti imparentati e perciò tutti reclamanti il diritto alla successione, una lunga guerra per la disputa dei suoi possedimenti.
Si formarono due alleanze : una tra Spagna, Francia ed i Savoia e l'altra tra Inghilterra, Olanda, Austria e principati Tedeschi.
Nel corso della guerra, durata 11 anni, si svolsero numerose battaglie in tutta l'Europa ed anche in Lombardia, quali la battaglia di Chiari e di Cassano. Alla fine l'alleanza tedesca vinse e la Lombardia andò sotto la corona austriaca.

La restaurazione del 1815, conseguente alla sconfitta della Francia di Napoleone da parte degli Imperi Centrali, riportò il nord Italia e quindi Mozzanica nel regno Lombardo Veneto e quindi fu reintrodotta quella riforma amministrativa ed organizzativa di Maria Teresa della quale esistono, tutt'ora, documenti conservati nell'archivio comunale.
L'aggregazione allo stato Sabaudo avvenne nel 1859 senza particolari scosse e nella continuità amministrativa.
Nel 1865 Mozzanica contava 1422 abitanti, il nucleo abitato era tutto raccolto e costituito dalla zona interna alla via Cerchia delle Mura e la fascia tra via Roma, via Circonvallazione, via Santo Stefano.
Alla fine della seconda guerra mondiale la popolazione era di 2468 abitanti.
La popolazione è costantemente cresciuta dopo il 1945 e contava alla fine del 2001 in occasione del censimento, 3.944 abitanti. Attualmente la popolazione è di 4601 abitanti (dato al 31/12/2009).

Per approfondire l'argomento si propone la lettura della "Storia di Mozzanica dal XI al XIX secolo".